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本報訊(記者崔雪芹)8月21日,《細胞》刊發北京大學生物醫學前沿創新中心主任張澤民課題組與他人合作的研究論文。該研究以生物信息學數據整合為支撐,系統刻畫了自然殺傷(NK)細胞在不同癌癥類型和組織之間的異質性,發現了腫瘤微環境特異富集、殺傷功能異常的NK細胞亞類,揭示了NK細胞與微環境中其他組分的潛在調控關系。
論文通訊作者之一張澤民告訴《中國科學報》,這一工作創新性地整合利用了大規模單細胞數據,揭示了NK細胞中的基因表達模式轉變,捕捉了腫瘤免疫微環境的NK細胞亞群組分變化,為未來通過更全面的整合分析手段探索新的生物標志物和治療靶點提供助力,也為藥物研發提供更準確、更全面的數據支持。
據介紹,本研究收集整理了大量公開的單細胞轉錄組數據,涉及24種癌癥類型,包括來自716名患者和47名健康對照者的1223個樣本的NK細胞單細胞表達譜數據。
研究人員克服了數據整合的多個難點,包括高精度分離NK細胞、去除復雜的批次效應等,首次在泛癌水平系統鑒定到14類NK細胞亞群,并詳細刻畫了各類群的表型和功能多樣性。
基于整合的數據資源,研究人員發現NK細胞的亞群組成在不同癌癥類型間表現出明顯偏好性,腫瘤、癌旁組織和外周血中的NK細胞亞類分布也具有明顯差異。通過轉錄組定量分析以及敏感性和特異性檢驗等生物信息技術篩選,研究人員發現RGS1特異高表達在非血液來源的NK細胞上,這為后續進一步研究NK細胞的組織浸潤提供了新的研究方向,也進一步凸顯了通過整合數據分析研究關鍵生物學問題的可行性。
通過進一步關注腫瘤微環境,研究人員還發現腫瘤組織中高度富集一群DNAJB1陽性的NK細胞。數據分析發現,這群細胞具有功能失調的表型,包括殺傷性下降、抑制受體上升、高表達應激反應相關蛋白等,因此研究人員將這群細胞命名為腫瘤相關NK(TaNK)細胞。
研究人員發現TaNK細胞的富集與多種癌癥類型的不良預后及免疫治療的耐藥顯著相關。這些發現表明了TaNK細胞具有重要的生物學和臨床應用價值,為后續開發NK細胞相關的免疫治療方法提供了新思路。
相關論文信息:
https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.07.034
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